应用经济学科始建于1993 年在企业管理硕士点下设的外贸方向。2004 年获得国际贸易学硕士点授予权。2007 年获得应用经济学一级学科硕士点授予权。2010 年获得应用经济学一级学科博士点授予权。经过十多年的发展，特别是在教育部“985 二期工程”哲学与社会科学创新基地的支持下，本学科进入了快速发展阶段，科研和教学水平明显提高。2009 年2 月16 日教育部学位与研究生教育发展中心公布的对当年全国68 家高校应用经济学科评估中，我校同已设立应用经济学一级学科博士点的18 家高校及其它高校竞争，居全国第25 名、北京市第8 名、全国理工科类院校第7 名，北京市理工类院校第4 名。2015 年应用经济学一级学科博士学位授权点通过教育部的专项合格评估。
本学科主要研究方向有：
1.产业经济理论与政策
       在中国经济快速增长与经济转型条件下，产业安全及与之相适应的食品、生态、环境安全，战略新兴产业发展与安全等是新形势下国家的战略需求。该学科方向围绕这些国家需求开展相关的理论、战略与政策研究，为国家制定重大的产业战略与政策、实施产业经济的宏观决策与管理提供理论和政策支持。
       目前学科的重点研究方向包括国防与高科技产业发展战略、产业组织和新兴产业政策、产业集聚与产业可持续发展、反垄断与政府管制等。经过近几年的发展，产业经济学研究方向紧紧围绕国家经济发展需要、紧跟国际学术发展前沿，在“国防工业技术创新政策与管理研究”以及“国防科技工业发展创新型产业问题”等领域形成了鲜明特色，研究水平处于国内领先地位。
2.国际贸易与跨国经营
       坚持对外开放的国策，促进国家对外贸易的发展及良好的外贸环境，加速国内企业“走出去”等仍为未来国家经济可持续发展和国家经济安全的重大需求。本研究方向运用理论研究与实证研究相结合、定性分析与定量分析相结合的研究方法，研究国际贸易与跨国经营的理论、政策，为我国深层次地参与经济全球化、提高对外开放广度与深度以及“一带一路”倡议的贯彻，提供理论依据和政策建议。本方向研究的内容主要包括：一是国际贸易理论与政策研究：重点针对目前我国对外贸易中出现的摩擦问题开展研究。二是FDI 与跨国经营研究：包括外商投资的影响，中国对外投资及其安全、对外投资管理、中国企业国际化发展等问题研究。三是国际贸易与环境研究：包括环境保护与国际贸易、碳税计量方法、碳税与贸易竞争力等。四是跨境电子商务研究：包括跨境电商交易模式、跨境电商的影响、跨境电商的政策环境等。
3.金融市场与金融创新
       应用经济学下的国际金融风险管理方向将立足金融学、管理科学与工程、概率论与数理统计等学科，鼓励与其他学院跨学科合作，整合研究力量，发挥理工优势，强调不同学科的交叉融合，审视全球化大背景下的金融环境，实现国际金融风险研究的理论创新，培养高层次国际金融研究人才，同时立足中国金融发展实践，为政府科学决策提供依据。本方向主要研究内容包括各种国际金融风险的成因、特性，涉及宏观的国家风险、政治风险，微观的国际利率风险、汇率风险、国际证券投资风险、金融衍生品风险、国际信用风险和操作风险等方面；各种国际金融风险识别度量的方法和技术；国际金融风险管理技术和方法，包括分散化、流动性管理、资产负债管理、资产估值、交易控制、透明度、经济信息、资本充足度等；金融衍生工具的理论与应用；国际金融危机成因、跨国传染及应对；互联网金融类型、互联网金融的影响、互联网金融发展政策与发展前景等。
4.国防经济与安全预警
      国防经济方向主要以国民经济动员学为主要研究特色，研究实力雄厚。学术带头人及骨干教师，长期从事国民经济动员、安全预警等方面的工作，取得了丰硕的成果，其中，在国民经济动员领域更是处于国内领先地位。该学科方向长期研究与国防有关的经济问题，以国民经济动员、安全预警为主要研究特色。第一，以经济学理论及方法为主要工具，研究国民经济动员中的相关问题，研究核心是如何有效、合理地配置和使用稀缺性资源保障国民经济动员工作顺利进行，维护国家安全；第二，在危机管理的基础上，对国家、地区、企业各个层次的安全预警问题进行研究，研究核心是将危机管理和国民经济动员中的预警思想整合为安全预警管理理论。
5.数量经济理论与应用
       研究经济数量关系及其变化规律性。通过经济数学模型来研究经济数量关系，是数量经济学的特征。本方向主要研究内容包括：经济理论的实证模型以及实际经济问题的计量经济模型及应用；研究现代宏观、微观经济学的理论与方法；时间序列经济分析模型的理论与模型；经济对策论模型的理论与应用；宏观、微观经济的数理理论及其方法与应用；金融学的数理机制理论及应用等。